日本では、
江戸時代初期の
1654年(
承応3年)に
明末清初の中国から招聘された中国臨済宗の
隠元隆?により始まる。
1740年(
元文5年)に第14代住持に和僧の
龍統元棟が晋山するまでは伝統的に中国から住職を招聘してきた。当初、正統派の臨済禅を伝えるという意味で「臨済正宗」や「臨済禅宗黄檗派」を名乗っていた。宗風は、明時代の中国禅の特色である
華厳、
天台、
浄土等の諸宗を反映したいわゆる混淆禅の姿を伝えている。幕府の外護を背景として、大名達の支援を得て、鉄眼道光らに代表される社会事業などを通じて民間の教化にも努めたため、次第に教勢が拡大した。萬福寺の塔頭は33ヵ院に及び、
1745年の「末寺帳」には、1043もの末寺が書き上げられている。
隠元の法孫に当たる
鉄眼道光は艱難辛苦の末に隠元のもたらした大蔵経を底本とした『鉄眼版(黄檗版)一切経』といわれる
大蔵経を開刻・刊行し、これによって日本の仏教研究は飛躍的に進んだばかりか、出版技術も大きく進歩発展した。一方、
了翁道覚は錦袋円という漢方薬の販売により、収益金で鉄眼の一切経の開刻事業を援助する一方、完成本を誰もが見られるようにする勧学院を各地に建て、日本の図書館の先駆けとなった。後に鉄眼一切経は
重要文化財に指定され、黄檗山万福寺山内の宝蔵院で現在も摺り続けられている。