伝統的には、
土壌や
肥料に関する研究(土壌学、植物栄養学)、
農薬に関する研究(農薬化学)、
発酵や
醸造に関する研究(発酵学、醸造学)などが
農芸化学者によって行われてきた。現在の日本では、研究対象は、農芸化学という学問を明確に定義できないほどに
バイオテクノロジーの全領域にわたって拡散しており、農芸化学という言葉だけから研究対象を想像するのは難しくなっている。農芸化学には固有の方法論があるわけではなく、
生化学、
有機化学、
分子生物学、
生命工学などの分野と多くの方法論を共有する。