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菌 (きん) とは、元来、キノコを意味した。なお、漢字「菌」の訓は「きのこ」である。

近代には、菌類、つまり、キノコに似ていると考えられた生物の雑多なグループを指すようになった。この意味での「菌」は、学名の「‐mycota」「‐mycetes」など (ギリシア語で「キノコ」) の訳語であることが多い。

菌類には、互いに類縁関係の乏しい多くの系統が含まれる。その中で代表的なのは、キノコ・カビ・酵母などを含む真菌で、菌・菌類という言葉で真菌を指すこともある。たとえば、「菌界」は真菌の分類群である。

さらに、後になって発見された微小な生物であるBacteria(バクテリア)にも細菌(真正細菌)という単語が当てられた。一般に耳にする○○菌(結核菌や乳酸菌など)のほとんどは真正細菌に属する。

また、1990年になってBacteriaから切り離されたArchaea(アーキア)にも古細菌という単語が当てられている。日本語では慣習的にこちらも含めて細菌と呼ぶ場合と、真正細菌のみを細菌と言う二通りの場合があり、やや混乱している。

◆「菌」と呼ばれる生物

・真核生物

  ・オピストコンタ

    ・真菌

    ・メソミセトゾア (偽粘菌・中動菌)

  ・アメーボゾア

    ・動菌

    ・*変形菌・粘菌

    ・*原生粘菌(プロトステリウム類)

    ・*タマホコリカビ類 (細胞性粘菌参照)

    ・アクラシス類 (細胞性粘菌参照)

  ・ストラメノパイル

    ・卵菌

    ・ラビリンチュラ類 (かつて変形菌門に分類された)

    ・ネコブカビ類 (かつて変形菌門に分類された)

・真正細菌

・古細菌

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