真菌症には
抗真菌薬が使用される。真菌症の性質によって局所性あるいは全身性に使用される。
光化学療法は
菌状息肉腫の主要な治療法である。真菌は
多糖類からなる
キチン質の強固な
細胞壁を持っているのみならず、人体と同じ
真核生物であるため菌類の細胞だけに損傷を与えて人体組織に害の少ない薬物は非常に限られたものとなる。そのため、
原核生物であり、非対称的に細菌のみに大きな損傷を与えることのできる
抗生物質が多く発見されている
細菌による感染症に比べ、治療が困難である。また、深在性真菌症は日和見感染症の色彩が強く、診断も困難であることから症例は増加の一途にあり、致命率も高い。