植物プランクトンには光合成を行う微生物が全て含まれる。植物プランクトンは水中の食物連鎖の基礎になるという生態学的に重要な役割がある。しかし地上生態系の植物と違って、分類学上の植物プランクトンは多岐にわたり、
真核生物の
原生生物、
原核生物の
真正細菌、
古細菌が含まれる。海中にはおよそ5000種の植物プランクトンがいると言われている
[Hallegraeff, G.M. (2003). Harmful algal blooms: a global overview. in Hallegraeff, G.M., Andewrson, D.M. and Cembella, A.D. (eds) 2003. Manual on Harmful Marine Microalgae. UNESCO, Paris.]。競争する資源が限られる中で、どのようにこんなに多様性を持って進化してきたのかは良く分かっていない