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日本の湖沼一覧は、日本国内の天然水面からなる湖沼の一覧である。湖沼の名称や呼称は地域性や歴史的経緯により異なっており、「-湖」、「-池」、「-沼」、「-潟」、「-浦」、「-淵」、「-海」、「-トー」などがある。

・ダムなどによる人造湖(ダム湖)は、「日本の人造湖一覧」を参照。

・面積順に列挙した一覧については、「日本の湖沼の面積順の一覧」を参照。

・各都道府県ごとに五十音順に列挙している。

・複数の都道府県に跨る湖沼は、各都道府県に重複して掲載する。

・掲載対象になる湖沼記事がない都道府県については、節ごと省略している。

◆ 北海道

・阿寒湖(あかんこ)

・厚岸湖(あっけしこ)

・網走湖(あばしりこ)

・ウトナイ湖(うとないこ)

・生花苗沼(おいかまないぬま、おいかまないとう)

・大沼(おおぬま) - 稚内市。

・大沼(おおぬま) - 七飯町。

・オコタンペ湖(おこたんぺこ)

・温根沼(おんねとう) - 根室市。

・オンネトー(おんねとー) - 足寄町。

・オンネ沼(おんねぬま、おんねとう) - 根室市。

・カムイト沼(かむいとぬま)

・屈斜路湖(くっしゃろこ) - 面積は日本で6番目に広い。周囲は日本で6番目に長い。

・倶多楽湖(くったらこ)

・クッチャロ湖(くっちゃろこ)

  ・大沼(おおぬま) - クッチャロ湖をなす沼。

  ・小沼(こぬま) - クッチャロ湖をなす沼。

・小沼(こぬま) - 七飯町。

・駒止湖(こまどめこ)

・コムケ湖(こむけこ)

・サロマ湖(さろまこ) - 面積は日本で3番目に広い。周囲は日本で5番目に長い。

・然別湖(しかりべつこ)

・支笏湖(しこつこ) - 面積は日本で8番目に広い。

・東雲湖(しののめこ) - 別名「東小沼(ひがしこぬま)」。

・シュンクシタカラ湖(しゅんくしたからこ) - 日本で最後に発見された湖。

・蓴菜沼(じゅんさいぬま) - 七飯町。

・シラルトロ湖(しらるとろこ)

・知床五湖(しれとこごこ)

・達古武沼(たっこぶぬま)

・チミケップ湖(ちみけっぷこ)

・チョマトー(ちょまとー)

・濤沸湖(とうふつこ)

・洞爺湖(とうやこ) - 面積は日本で9番目に広い。

・塘路湖(とうろこ)

・能取湖(のとろこ)

・春採湖(はるとりこ)

・パンケトー(ぱんけとー)

・火散布沼(ひちりっぷぬま、ひちりっぷとう)

・風蓮湖(ふうれんこ)

・ペケレット湖(ぺけれっとこ)

・ペンケトー(ぺんけとー)

・ポロト湖(ぽろとこ)

・ポロ沼(ぽろぬま)

・摩周湖(ましゅうこ) - 日本で最も透明度が高い。

・宮島沼(みやじまぬま)

・モエレ沼(もえれぬま)

・モケウニ沼(もけうにぬま)

・藻散布沼(もちりっぷぬま、もちりっぷとう)

・湧洞沼(ゆうどうぬま)

・羅臼湖(らうすこ)

◆ 東北地方

◇ 青森県

・姉沼(あねぬま)

・宇曽利湖(うそりこ)

・小川原湖(おがわらこ)

・十三湖(じゅうさんこ)

・十二湖(じゅうにこ)

・鷹架沼(たかほこぬま)

・十和田湖(とわだこ) - 秋田県と跨る。

◇ 宮城県

・伊豆沼(いずぬま) - 湖沼としては、日本初のラムサール条約登録地。

・御釜(おかま)

・蕪栗沼(かぶくりぬま) - 蕪栗沼および周辺の水田はラムサール条約登録地。

・五色沼(ごしきぬま)

・鳥の海(とりのうみ)

・万石浦(まんごくうら)

◇ 秋田県

・作沢沼(さくざわぬま)

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