県北部の
徳島平野を除いては全体的に山地の多い地形で、特に徳島平野以南に峙える
四国山地は、
西日本でも有数の険しい山岳地帯となっている。この山々は昔から現在に至るまで徳島県内の物流や交流の大きな障害となって来た。その一方で、山間部からは
吉野川、
勝浦川、
那賀川など、水量の豊富な河川が多数流れ出しており、豊かな水資源をもたらしてくれている。河川が少なく水不足に陥りやすい隣の
香川県とは対照的であるが、逆に治水に長年悩まされている。また那賀川下流域ではほぼ毎夏、工業用水などの渇水が深刻化している。気候は四国山地以南で
太平洋側気候のエリアに属し、温暖多雨であるが、それより北の地域は
瀬戸内海式気候に属するエリアも存在する。それに併せて徳島鳴門・阿南・海部は
海洋性気候、美馬北部阿北・美馬南部神山・三好・那賀勝浦では
内陸性気候を示す。なお徳島県内で最長の河川は吉野川(徳島県側延長109km※)ではなく那賀川(延長125km)である(※総延長194kmから高知県側85km(高知県海洋局HPより)を引き算出)。