第二類及び第三類医薬品は薬剤師又は登録販売者が販売する。資格の無い販売員は有資格者の監督の下で補助的に医薬品の販売に携わることが認められる方向性が示されている。なお、第一類医薬品は薬剤師による直接販売に限定される。
都道府県が行う薬種商試験に合格した者(薬種商)が営む店舗。厚生労働大臣の指定する医薬品(
指定医薬品)以外の一般用医薬品を販売することができる。既に薬種商の者は、手続きだけで登録販売者試験合格者と見なされる。一般販売業と同様、改正薬事法が施行されると、約3年の移行期間終了までに店舗販売業の許可を取り直す必要があるが、許可を取り直すと第二類医薬品に分類される指定医薬品を販売できるようになる。