真空ポンプで引いたまま300〜400度で一晩加熱して活性化したモレキュラーシーブは高い脱水能力を持つが、市販品はすでにある程度は水を吸着しているので脱水能力はそれほど高くはない。活性化には手間がかかるので、市販の状態のまま無水蒸留の前処理や保存する際の乾燥剤として使用する場面が多い。
溶媒中を拡散する水を捕捉するので、ビンの底にモレキュラーシーブを静置しておいても乾燥の速度は大きくない。カラムに詰めて溶媒をゆっくり流すと、迅速に乾燥が可能である。(モレキュラーシーブの外面を流れてくる最初の流分は捨てるのがコツ)
生物学では
免疫染色等を行う際に用いる有機溶媒を脱水する際に用いられる。この場合脱水は
化学で要求されるよりも厳密ではなく、以下のような手法で行われる。市販のモレキュラーシーブスを150 g、100 ml の溶媒に投入。一晩放置したものを100%溶媒とする。再利用時には蒸留水で洗浄後、乾燥庫で十分に乾燥(乾燥が不十分だと次の段階で溶媒が危険なことに)。乾熱滅菌器で200度C、2時間加熱したものを同様に使用する。