小穂は2枚の
苞穎(ほうえい)とそれに抱かれた2個の小花からなり、下位の小花は
不稔(ふねん、種をつけないこと)である。小花は
外穎(がいえい)と
内穎(ないえい)に包まれ、その中に
鱗被(りんぴ)、
雌蕊、
雄蕊を持つ。下位の不稔の小花の内穎は退化し、外穎と癒合する傾向にある。これらの穎の全てが穎果を保護するため、ヒエの
穎果(えいか)は5ないし6枚の穎(えい)によって覆われる。これを、「同様の小穂構成を持ちながら最終的に穎果を覆う穎の数が2枚である
アワや
キビと比べてヒエの穎果が極めて強固に保護されていることを意味する」と解釈するのは誤りで、ヒエでは硬化した内穎と外穎が強固に組み合っているため、内穎と外穎が比較的緩やかに組み合うアワやキビより、
脱桴(だっぷ、穎の除去)しにくくなるため、ヒエ種子の保存性の高さや精白時に必要な多大の労力、
歩留まりの悪さの原因となる。
穎に覆われた状態のヒエの穀粒は長さ2.3〜2.1mm、幅1.9〜2.1mm、重量3〜4mg。穂は密穂型、開散穂型、中間型の3型の品種群に分けられるが、系譜的には相互に関係性はない。