セントロメア(
Centromere) は
染色体の長腕と短腕が交差する部位。染色体のほぼ中央に位置することからこの名がつけられている。
細胞分裂時には一次狭窄を形成し、紡錘体が結合する。染色体の凝縮に関係するCENP-AやINCENP、あるいは染色体の移動に関するMCAK、CENP-Eなどが集積し、
キネトコアと呼ばれる構造を形成する。凝集した
クロマチン構造、すなわちヘテロクロマチンになっており、遺伝子発現は構成的に抑制されている。
DNA は独自の繰り返し配列をとっており、塩基配列決定が困難である。
C. elegans のようにセントロメアが染色体全体に広がる生物種もある。