人工甘味料であるため、その安全性については使用が認可される前から多くの研究や議論があった。使用が認可され需要が定着した今でも意見が分かれている。しかし、現在に至るまで人の健康への実害は指摘されていない。
しかし、それとは逆に、サルやヒトの腸において
メタノール、
アスパラギン酸、
フェニルアラニンに代謝され、吸収された後に体内たんぱく質に併合されたり二酸化炭素として排出されることが報告されている
[Opperman JA et al; J NUTR 103 (10): 1460-6 (1973)][Trefz F et al; Human Genetics 93 (4): 369-74 (1994)]。この場合の代謝物のひとつであるアスパラギン酸は
アスパラガスに多く含まれる
アミノ酸であり、一部の
スポーツドリンクなどにも配合される、健康リスクの低い物質である。フェニルアラニンについては、FDAが後年になってから「健常人ではアスパルテームには
アレルギー性はないが、
フェニルケトン尿症患者では危険性があるかもしれない」という見解を示している
[[外部リンク] FOOD ALLERGIES RARE BUT RISKY]。これは、フェニルアラニンが同患者に悪影響を与えるためであるが、フェニルアラニン自体は他の食品にも含まれる
必須アミノ酸で、こちらも健常者への健康リスクは小さい。メタノールは
失明や致死などの人体への毒性が知られているが、果物や野菜や酒類にも含まれるなど、量によっては無視しうるものである。アスパルテームの代謝で摂取することになるメタノールはアスパルテームの重量の10%程度であり、酒類から摂取する量と比較すれば過剰に摂取しなければ問題にならない量である
[FDAが定めるアルコール飲料中のメタノール含有基準値は体積比で0.1%。日本の食品衛生法でのアルコール飲料中のメタノール含有基準値は1cm? (1m?) 当たり1mg以下。メタノール含有量は銘柄にもよるが、日本で仮に100m?の酒を飲んだとして基準の1/10としても10mg程度の摂取。一方仮に砂糖12g (4gの角砂糖3個) の代用として同等の甘味のアスパルテーム75mgを使用するとメタノールは7.5mg程度の摂取となる。]。